IKERLAN está estructurado en tres unidades operativas:
- Desarrollo de Producto: Está dedicada al desarrollo de productos mecatrónicos, y está formada por las áreas de Ingeniería y diseño mecánico, Electrónica, Comunicaciones, MicroNanotecnologías, Automática y electrónica de potencia, Sensores y Tecnologías del software.
- Energía: Esta Unidad trabaja en el uso racional de la energía y el desarrollo de nuevos sistemas de generación de energía, y está basada en las áreas de Sistemas alternativos de generación, y Tecnologías de combustión y confort en edificios.
- Procesos de Diseño y Producción: Se orienta a la puesta en práctica de la innovación en la empresa, y cuenta con las áreas de Innovación estratégica, Tecnologías de diseño y producción y Tecnologías de la información.
La Unidad de Desarrollo de Producto y la de Procesos de Diseño y Producción están ubicadas en la sede central de Arrasate-Mondragón, y la de Energía en el Parque Tecnológico de Álava.