Además de la estrecha colaboración que el Centro mantiene con las empresas en actividades de desarrollo de producto y mejora de procesos productivos y de negocio, IKERLAN coopera intensamente con destacadas universidades y centros de investigación, y participa en programas de investigación y desarrollo tecnológico, tanto nacionales como internacionales.

Hay que destacar la pertenencia de IKERLAN a IK4 Research Alliance, de la que forman parte Ceit, Cidetec, Gaiker, Tekniker, Vicomtech e Ideko. También forma parte del Centro de Investigación en Micro/Nano Tecnologías CICmicroGUNE.